Maggie, démission!


Un-e ministre responsable réquisitionnerait une usine pour y fabriquer des masques, des gants et des gels désinfectants.
Un-e ministre responsable distribuerait ces équipements de protection gratuitement à la population et en obligerait le port.
Un-e ministre responsable donnerait ses interviews déguisé-e en technicien-ne d'animalerie pour montrer l'exemple.
Avoir l'air con, c'est mieux qu'être mort.

Ne pas confondre vitesse et accélération


Je vais me faire allumer de toutes parts avec ce post. Mais tant pis.
Je vais me faire allumer pour deux raisons.
D'abord, parce que Marius est adulé par toute une nation et vous n'allez certainement pas être d'accord avec moi si je dis qu'on est en train de se faire enfumer par un pseudo-expert qui a oublié les mathématiques de base de 5ème secondaire.
Ensuite, parce que mes notions de mathématiques datent d'il y a 25 ans et les vrais spécialistes (Adrien?) vont certainement devoir me corriger.

Chaque matin en me réveillant, je plonge sur Twitter pour y trouver la situation du jour transmise par Marius. Mercredi, j'étais fort content de lire son optimisme: le ralentissement se confirme!

Mais en y regardant de plus près, j'ai du mal à comprendre ces graphiques et les raisons de cet enthousiasme. J'utilise chaque jour des échelles logarithmiques, c'est pas ça le problème, je peux généralement interpréter ce genre de graphique. Mais où, exactement, se trouve le ralentissement? Pas évident à voir! Surtout que le nombre net d'hospitalisations, c'est une soustraction entre les entrées et les sorties. Soit. La bonne nouvelle, c'est que l'asymptote sera probablement horizontale avant d'atteindre la capacité des hôpitaux. C'est très bien!

Mais creusons un peu. "Ralentissement", dit Marius. "Ralentir": diminuer la vitesse d'un corps en mouvement, nous dit le Petit Larousse.
Faisons donc un parallèle avec le mouvement d'un véhicule.
Si je me rends de la Gaume à la mer, je parcours un espace de 300 km.
Si le virus infecte 16000 personnes, il "parcourt" un "espace" de 16000 personnes.
Si j'arrive à la mer en 3 heures, ma vitesse moyenne, l'espace parcouru par unité de temps, est de 100 km par heure.
Du 15 février au 31 mars (46 jours), le virus a infecté 16000 personnes, sa "vitesse" moyenne est donc de 348 personnes par jour. Mais son mouvement n'est pas uniforme: la vitesse varie au cours du temps. Voyons donc les variations de "vitesse" au cours du temps: le nombre de nouveaux cas (espace) par jour (unité de temps). Les chiffres tels que rapportés chaque jour par la presse (notez la diminution des tests chaque samedi et dimanche), et la régression sigmoïdale.

La "vitesse" change donc de jour en jour. D'après Larousse, si la vitesse augmente, on accélère. Si la vitesse diminue, on ralentit. En mathématique, accélération/ralentissement, c'est la dérivée de la vitesse. Si cette dérivée est supérieure à zéro, on accélère. Si la dérivée est inférieure à zéro, on ralenti.
L'axe X est ici en semaines. Donc 6,6 semaines correspondent à nos 46 jours d'épidémie. En rouge la courbe de vitesse; en bleu sa dérivée, soit l'accélération. Que voit-on sur la courbe bleue? L'accélération reste bien positive. Le virus continue donc son accélération. N'en déplaise à Marius.

Maintenant, on pourrait dire que le virus accélère moins... il n'a plus le pied au plancher, c'est un progrès, non? Comparons ça à un TGV. Quand il sort de gare, il accélère. Lorsqu'il atteint sa vitesse de croisière, son accélération devient nulle. Mais il n'en roule pas moins à fond la caisse!
Même si le virus atteint bientôt sa vitesse de croisière, un virus fou lancé à fond la caisse, ça fait des morts. Beaucoup de morts. Mathématiquement, la situation est tragique.

Tragique. C'est tout ce que j'ai à dire aujourd'hui.

Les stars du corona


En Belgique, Marius crève l'écran.
Ici, les vedettes ce sont Tony et les frères Cuomo, Andrew et Chris.

I'm not against releasing the restrictions,' says Dr. Anthony ...
Anthony (Tony) Fauci est le Directeur de l'Institut National de l'Allergie et des Maladies Infectieuses (NIAID)... un Institut, au passage, qui finance le labo. Depuis plus de 15 ans, Toni était un de mes héros scientifiques. Aujourd'hui, il est un héros national.
La première fois que j'ai entendu parler Fauci, c'était à Montreal en 2004. Par le plus grand hasard, j'ai retrouvé et relu récemment mes notes de sa présentation de l'époque. Et j'y ai retrouvé les germes d'une idée, d'un projet sur lequel on travaille maintenant au labo.
Question épidémies, il s'y connaît Tony! Il était déjà en fonction au début des années 80 quand un mal étrange s'attaquait à des jeunes gens en pleine santé à SF et NY. Il était là pour le SARS en 2002, la grippe de 2009, ebola en 2015. Donc logiquement, il fait maintenant partie de la task force de la Maison Blanche pour organiser la résistance face au coronavirus. Une voix sensée venant de la Maison Blanche, ça fait plaisir! Le Président, lui, il raconte n'importe quoi. Un jour, il prétendait face aux journalistes qu'un vaccin serait disponible dans 2-3 mois. Tony a attrapé le micro et a expliqué, scientifiquement et rigoureusement, qu'il faudrait patienter 12 à 18 mois. Du côté des commentateurs, la panique s'est immédiatement installée. Car de nos jours, contredire le Président correspond à recevoir son bon de sortie.
Quelques jours plus tard, comme redouté, Tony était absent à la conférence de presse quotidienne de la Maison Blanche. Instantanément, Twitter s'enflammait: #WhereIsFauci. Le lendemain, Tony était de retour.
Indétrônable héro, ce Tony.

Andrew Cuomo, Chris Cuomo go viral for showcasing sibling rivalry ...
Andrew Cuomo (à droite) est le Gouverneur de l'Etat de New York, durement touché par le virus: l'Italie d'Amérique, pour ce Gouverneur italo-américain. Chaque jour, il tient une conférence de presse face à un parterre épars de journalistes distanciés. Chaque jour, il explique son combat contre le virus et pour ses concitoyens. Chaque conférence est divisée en trois parties. D'abord les faits, froids, bruts, brutaux même, tragiques souvent. Ensuite, son avis personnel. Par exemple, il explique pourquoi il a voté la loi Matilda pour protéger les personnes les plus vulnérables. Matilda, c'est le prénom de sa maman âgée de plus de 85 ans. Enfin, les questions des journalistes. A la fois vulnérable et combatif, le Gouverneur n'en élude aucune.

Chris Cuomo, le petit frère, est un journaliste vedette de CNN. New Yorkais formé à Yale, il est prétentieux et arrogant à souhait: un stéréotype. Lors de ses interviews, il est incisif, intransigeant, batailleur: un roquet d'attaque! Quand le journaliste Cuomo interview en direct le Gouverneur Cuomo, les rivalités entre frangins resurgissent. C'est intense!

Hier, l'histoire de ces deux frères a pris une autre tournure. Lors de sa conférence de presse, le Gouverneur a annoncé que son frère journaliste était infecté par le virus. Les piques continuent: "Il est jeune, il est en bonne santé, il est fort... pas aussi fort qu'il ne pense, mais il va s'en sortir". Puis en direct face à la nation, le grand frère engueule son petit frère car il allait encore rendre visite à Matilda il y a quelques jours. Tout ça pour illustrer que le virus n'épargne personne.

La playlist du corona


Importantes mises à jour en fin de blog

Le confinement, c'est l'occasion de dénicher quelques perles sur YouTube. Ca avait commencé avec Cré Tonnerre. Mais j'en trouve d'autres chaque jour.

D'abord, le retour de la Chanson du Dimanche.
Si je me souviens bien, c'est Antoine qui me les avait fait découvrir il y a une dizaine d'années. C'était l'époque des flux RSS et chaque dimanche matin, avant de partir péniblement au labo, je recevais par email le lien vers leur nouvelle chanson déjantée. Il y a 10 jours, comme une miraculeuse apparition, le flux RSS s'est réveillé. Ils sont de retour, avec des reprises adaptées de leurs chansons de l'époque. La pêche!


Dans le même style, il y a Une Chanson Comme Ca.
Alors eux, ils sont très forts. Presqu'au niveau de la famille Stru! Je vous en mets deux ici, pour le plaisir... mais allez écouter toute leur collection sur YouTube.



Et puis le PostmodernJukebox.
Rien à voir avec le coronavirus. Mais les Spice Girls en version 50s, ça fait sourire!


Et vous, quelle est votre playlist, ces jours-ci?

Un important ajout. Chaque jour, Francis prend la guitare, et ça c'est une Bonne Nouvelle!


Francis et sa guitare, tous les jours à la maison... ça va aller, le confinement.

Et puis il y a la version du trappeur quebecois,  dans sa cabane au Canada...

... qui nous explique aussi comment nous chauffer au bois!

Confinement - Semaine 1


Nous y sommes. Depuis lundi, c'est travail à la maison. Et depuis mercredi, le Gouverneur a décrété l'ordre "Stay Home - Stay Safe". Même la piste d'athlétisme est cadenassée.
Heureusement, de temps en temps, je peux aller au bureau pour arroser ma plante... et en même temps m'occuper des cellules et des souris.

Le reste de la journée, je suis installé à mon petit bureau et je fais vivre Zoom, Teams et Bluejeans (Zoom est le meilleur).
Quand j'en ai marre, je m'occupe à autre chose. Le repassage, par exemple. C'est toujours satisfaisant quand il n'y a plus la moindre chemise non repassée qui traîne. Mais sérieusement: quel loser n'a rien de mieux à faire!

J'ai repris mon régime "stress" de Yale: café et chocolat toute la journée.

Et regardez comme je suis prévoyant: il y a un peu plus d'un mois, j'étais allé faire les provisions... je peux tenir le siège quelques semaines.
C'est pénible, mais relativisons. Avant-hier soir en courant dans les rues désertes, je suis passé comme d'habitude devant une maison de repos. Une ambulance était arrêtée devant. A l'interphone, les deux ambulanciers hypers protégés attendaient qu'on leur ouvre la porte. Je leur ai fait un signe, et je leur ai dit qu'ils étaient des héros. L'un d'eux m'a répondu d'un pouce levé.

Allez, on termine par une petite note d'optimisme.
Lavez-vous les mains...

Cré Tonnerre!


Ah, heureusement qu'ils sont là, ces marins d'eau douce gaumais. Les Gabiers du Ton, les Marins de la Semois, les Forbans de la Vierre, les Matelots de la Sûre!
Pour nous rendre un peu d'optimiste au terme d'une terrible semaine.
Le plus dur, égoïstement, ça a été de fermer la porte du labo ce vendredi soir... sans savoir quand je pourrai la réouvrir.
Pourquoi est-ce si compliqué? C'est Muriel qui me l'a dit il y a longtemps. On fait le plus beau métier du monde: on a une idée, on la teste, et on a la réponse. La liberté de chercher, c'était un slogan du FNRS il y a quelques années.
Dès lundi matin, d'une manière un d'une autre, je reprendrai ma liberté chercher. En attendant, ce weekend, je lave les vitres, j'arrache les mauvaises herbes et je vais faire des crêpes.

Et puis profitons des distances qui nous sont imposées pour nous rapprocher. Je déclare ici, chaque dimanche de 18 à 19 heures belge, tant que durera le confinement, l'heure du Pategaumais-Zoom. Tout le monde est bienvenu pour bavarder de tout et de rien. Il suffit de cliquer ici

Un petit rayon de soleil


Coronavirus


Ce post m'en rappelle un autre de 2010. A l'époque, il était indispensable de placer un autre mot: "Vuvuzela".

Depuis plus de deux semaines, Seattle est l'épicentre de la crise du coronavirus aux USA. Comment en sommes-nous arrivés là? La faute à pas de chance? Une mauvaise gestion des premiers cas? Non, la vigilance, l'intuition et la détermination de mes collègues virologistes, à Fred Hutch et à l'Université de Washington.

Chaque année, ils mènent une étude épidémiologique et génétique sur la grippe. A la mi-janvier, dès qu'un cas de coronavirus importé de Chine a été détecté dans la région, ils ont décidé de tester si les échantillons négatifs pour la grippe étaient porteurs du corona. Les autorités fédérales le leur ont défendu et les ont menacés de sanctions. Mais en bon scientifiques, ils ont persévéré, envers et contre tout, et il ne leur a fallu que quelques jours pour détecter un cas positif. Moins de 24 heures plus tard, le génome de ce virus était entièrement séquencé, et révélait sa quasi-identité avec le virus détecté en janvier. C'était la première preuve d'une dissémination locale du virus, et les analyses génétiques estimaient alors qu'il devait y avoir 400 à 600 cas dans la région.

Depuis, d'autres virus locaux ont été séquencés et ont démontré la propagation du virus aux alentours de Seattle. Ce même virus a aussi atteint un bateau de croisière, resté plusieurs jours en quarantaine au large de San Francisco.

Le clade de Seattle - En bleu et le virus chinois. En rouge, les cas de Seattle, dont le premier à la mi-janvier et tous ses descendants. En gris, le virus de "La Croisière s'amuse"

Il est maintenant certain que le même phénomène s'est produit, non-détecté, dans de nombreuses villes du pays. Rétrospectivement, les analyses génétiques révèlent une quinzaine de souches introduites indépendamment dans différents endroits du pays. Sur cette base, alors que 2500 cas ont été officiellement recensés aux USA, la génétique estime qu'il y en a entre 10000 et 40000.

Mais ce n'est pas tout! Tandis que les généticiens séquençaient à Seattle, les ambulanciers de Kirkland (par où je passais régulièrement à vélo l'été dernier) faisaient leurs comptes. Ils ont remarqué un nombre anormal d'appels venant d'un centre de revalidation pour personnes âgées. Souvent pour des difficultés respiratoires. Souvent pour des allers simples. Le virus avait atteint une population particulièrement vulnérable et était en train de la décimer... les premiers cas mortels aux USA.

A ce moment-là, le Président continuait à jouer au golf, prétendant que le virus était un hoax exploité par ses adversaires politiques et qui allait rapidement disparaître "par miracle". Mais à Seattle, la réponse se mettait un place. En l'espace de 48h, nous avions dû classer nos équipes en différentes catégories. Tous ceux dont le travail peut se faire à distance étaient cloitrés chez eux. Tous les voyages professionnels strictement interdits. Toutes les réunions annulées. En villes, les gros employeurs (Amazon, Microsoft, Google et Facebook en tête) prenaient des mesures similaires. L'Université de Washington (plus de 45000 étudiants) suspendait les cours. Puis c'était au tour des écoles de fermer leurs portes. Soudain, les rues ressemblaient à Chernobyl, quelques rares passants couvrant leur visage pour se protéger d'un danger insondable. Puis les supermarchés prenaient un air d'Allemagne de l'Est.

Depuis, l'Université de Washington continue de tester et de séquencer. Ils recrutent les étudiants pour effecter les tests en labo. Rien ne filtre, mais il se dit que les cas sont nombreux. Dans quelques jours, ils sauront si les mesures d'isolement permettent à la courbe des infections d'atteindre un point d'inflexion comme le prédisent les modèles mathématiques, ou si elle poursuit son inexorable progression exponentielle.



Et au labo? On reçoit les informations et instructions au compte goutte. Il faut planifier pour chaque scénario possible. Communiquer et rassurer malgré les incertitudes sur la situation et les inquiétudes de chacun. Il y a de moins en moins de monde dans les couloirs. Peu de collègues avec qui partager nos doutes et expériences. Mais on va surmonter. On a la chance d'avoir réagi 10 jours avant tout le monde, on s'en sortira donc probablement les premiers.

Alors pour garder l'esprit léger, je cours. Le semi-marathon de Vancouver auquel je m'étais inscrit a été annulé hier. Mais je continue ma préparation... pour rien... sauf pour ne pas devenir dingue. J'approche des 60 km d'entraînement hebdomadaire: aurait-ce été suffisant pour descendre sous les 90 minutes? Il faudra attendre une prochaine occasion pour le savoir.

Et vous, ce virus, comment le gérez-vous? Expliquez en commentaire!

A Washington


Deux mois et demi sans donner signe de vie sur ce blog, je devais bien m'attendre à recevoir tôt ou tard des réclamations. Alors comme je me suis fait récemment botter le derrière (merci Suzanne), je reprends la plume!
Le début d'année a été chargé. Tout d'abord, à peine rentré à Seattle, j'ai dû improviser un mini-trip de moins de 24 heures à Houston. Je ne sais pas ce que j'ai avec le Texas, mais c'est la cinquième fois en moins de quatre ans que je m'y rends. Dont trois fois à Houston, la ville que je visite donc le plus après New York.

Deux semaines plus tard, direction Washington DC. Toujours agréable de retourner sur la côte est. Et un peu de nostalgie de revoir cette ville, que j'avais visitée lors mon premier périple US en 2005, qui m'avait mené de Boston à New Haven, puis à DC où j'avais passé un sympathique weekend chez Frans, et enfin à San Francisco. Dommage que Frans ne soit plus là, le bougre!

Ce voyage-ci était d'environ 36 heures. J'ai donc eu le temps de prendre un métro et d'aller faire un petit jogging sur le National Mall.
J'y suis passé par la Maison Blanche...
 ... l'Obelix local...
 ... et le Capitol qui brillait de mille feux.
Ce soir-là au Capitol, le Président venait juste d'être acquitté par le Sénat au cour de son procès en destitution, et tenait son discours annuel sur l'Etat de l'Union. Vous avez probablement vu à la TV les images de la Présidente démocrate de la Chambre, qui en fin de séance, a déchiré face aux caméras le transcrit de ce discours présidentiel. Ambiance!

Cette visite à Washington DC m'a rappelé que nous n'avons pas tous les mêmes privilèges. Flash back pour quelques secondes: Paris, avril 2019.
A Marathon Expo, le jeu est de se retrouver sur ce mur couvert des noms des près de 60000 inscrits.

 A Washington aussi, il y a un mur couvert de noms. Gigantesque.
Ces jeunes gens ont été envoyés au Vietnam... et n'en sont jamais revenus. Ils sont 58320, et leurs familles viennent ici pour pleurer.
Imaginez, la même foule que sur les Champs Elysées, décimée par la folie de ses dirigeants.

Fin d’année!


C'est une impression surréaliste quand on quitte le labo pour la dernière fois de l'année et qu'on réalise que dans un peu plus de 24 heures, enfin, on sera à la maison!
La veille d'aller prendre l'avion, je fais toujours le ménage à l'animalerie. Et même si je délègue maintenant la majorité de la colonie, j'ai passé une bonne partie de ma journée avec les souris.
Ensuite, ma tradition à Yale, c'était de repasser par le New Haven Green, d'y photographier le grand sapin, puis de poster un message sur le blog dans lequel je vous expliquais, avec une bonne dose d'optimisme voltairien, que l'année avait été hyper-productive et que la suivante allait être la bonne, au cour de laquelle on allait enfin récolter les résultats.

A Seattle, pas de sapin de Noël à photographier. Cette ville est d'une monotonie affligeante. Il ne neige pas, il ne fait pas froid, il n'y a pas de sapin ni de décorations de Noël. Il n'y a même pas l'Armée du Salut avec leurs insupportables clochettes! Tout au plus, ai-je trouvé cette maison de Père Noël au hasard d'une course à pied nocturne, dans le quartier d'Interlaken.
Quant à l'optimisme, faisons plutôt preuve de réalisme, en empruntant un tweet d'un collègue, lu il y a quelques jours: "Dans mon métier, je pars travailler chaque matin en me demandant qui je vais décevoir aujourd'hui".
C'est donc normal. Et c'est bien de le savoir.
Mais décevoir est décevant. Alors pour compenser, aussi souvent qu'on peut, on chausse les godasses de course ou on enfourche la Flèche Bleue.
Ce qui m'amène à la photo de l'année 2019:
Quel pied, cette petite promenade touristique dans Paris en compagnie de vous tous!
Savez-vous qu'à part Paris, il existe exactement deux autres villes dans tout l'univers qui combinent:
  1. - un marathon
  2. - un vol direct depuis Seattle
  3. - un train direct depuis Bruxelles
Rendez-vous donc à Amsterdam, le 18 octobre 2020. On va y faire péter le chrono!