Les variants

 

Depuis quelques jours, je pense à vous poster un petit blabla sur les fameux variants du coronavirus. Mais ce mélange de virologie, d'évolution, de biologie structurelle, d'épidémiologie et d'immunologie est tellement fascinant que j'aurais du mal à faire court. Et au final, ça n'intéresserait pas grand monde à part moi.

Mais je vais quand-même partager avec vous un petit extrait d'un article publié il y a près d'un an:

A l'époque, le virus n'avait pas encore été baptisé officiellement SARS-CoV-2 et n'était pour nous qu'une lointaine histoire au JT, au large du Japon dans un bateau de la Croisière s'amuse.

In tempore non suspecto, les auteurs écrivaient ceci:

Traduction: "De manière alarmante, nos résultats prédisent qu'une mutation unique N501T pourrait significativement augmenter l'affinité d'attachement du SARS-CoV-2 au récepteur humain ACE2. Dès lors, l'évolution du virus chez les patients devrait être surveillé de près afin de détecter l'émergence de nouvelles mutations à la position 501"

Ces derniers mois, des variants N501Y sont apparus trois fois indépendamment en Angleterre, en Afrique du Sud et au Brésil. Quand au variant N501T tant redouté, il est déjà apparu deux fois indépendamment en Australie, où il se répand.

D'un côté, on à la science, qui prévient de ce qu'il va se passer.

De l'autre, on a les couillons qui continuent à dire que les enfants ne doivent toujours pas porter le masque pour aller à l'école.

On n'est pas dans la merde!



Golden ticket


Dans Charlie et la Chocolaterie, il fallait décrocher la barre de chocolat avec le billet en or pour pouvoir visiter l'usine de chocolat de Willy Wonka.

L'équivalent pour un immunologiste, c'est l'email qui te dit que tu peux prendre rendez-vous pour recevoir ton vaccin. Le tour de passe-passe par lequel c'est possible est le suivant: quand on met en place un programme de vaccination qui commence par une catégorie de personnes bien définie, après quelques semaines, ça devient un peu plus difficile de trouver ces personnes et de remplir l'agenda pour faire tourner l'usine à injection à plein régime. Alors au lieu de faire tourner les pouces aux injecteurs et laisser de précieuses doses dans les frigos, pour boucher les trous, on fait venir les gens qui sont sur place. Et on commence par ceux, supposés plus exposés, qui passent le plus de temps sur le campus. A ce jeux-là, trahi par mon badge dans les ascenseurs, je n'ai pas échappé à Big Brother.

C'est pas juste: j'aurais bien voulu négocier, et faire don de ma dose à quelqu'un qui en profiterait plus. Car ce n'est pas moi qui vais me précipiter à retourner au bar ou à la messe du dimanche.

Mais à défaut, je vais quand-même essayer de profiter au mieux de ce vaccin: dans quatre semaines, je serai protégé, je pourrai donc aller donner du sang en toute sécurité. En échange...

1 + 1 = 10

 

Au Standard, à la troisième mi-temps, tout le monde est entraîneur diplômé ("plômé").

Pendant une pandémie, pour éviter la troisième vague, tout le monde est immunologiste diplômé ("plômé"... je viens déjà de le dire).

C'est ainsi qu'a surgi cette fausse bonne idée de vacciner deux fois plus de monde en n'injectant que la première des deux doses. Le problème, c'est que ces immunologistes de kermesse ne comprennent pas l'arithmétique bien particulière de l'immunologie. C'est pourtant simple, il suffit d'aller trouver les données de la phase 1 du test du vaccin Pfizer dans le New England Journal of Medicine.

Voici à quoi ça ressemble:


Alors c'est vrai, une défaite par quatre buts à trois, c'est honorable. Une seule dose, c'est moins bien que deux mais c'est nettement mieux qu'un placebo.

Mais il y a une astuce: ce fameux axe verticale en échelle logarithmique! Ce logarithme nous poursuit depuis le début de la pandémie! Sur une échelle linéaire, voici à quoi ça ressemble.


Au Standard, Kiki l'Innocent dirait: serré, serré, 6 - 0 !

Y a-t-il maintenant encore des volontaires pour aller défendre la dose unique demain au JT?

Et pour l'impact qu'une seule dose pourrait avoir sur l'évolution du virus, on demandra aux évolutionnistes de troisième mi-temps. Mais là tout de suite, ils sont trop occupés à disserter sur le variant anglais.

Ornithologique année 2021

 

Ca me démangeait depuis un moment, et l'installation de la mangeoire était un bon début.

Mais même si un nouveau visiteur s'y est présenté ce matin, ce n'est pas une manière très intensive de faire de l'ornithologie. Alors il fallait prendre d'autres mesures.

Un oculaire réparé, il y a déjà quelque temps, par les bons soins d'Antoine. Un nouveau trépied. Et après 10 ans au moins d'inactivité, la longue-vue est prête à reprendre du service. La dernière fois qu'elle a servi, je pense que c'était lors d'une mémorable expédition en Guyane zélandaise où nous avions spotté la superbe bernache à cou roux.

Un miracle s'est produit cet après-midi à Seattle: une brève éclaircie, et même un timide rayon de soleil. L'occasion de pointer la longue-vue, dont la qualité optique n'a pas pris une ride, sur un joli pic flamboyant aux moustaches rouge vif.

Mais l'ornithologie de salon n'est qu'une sous-discipline de l'ornithologie. L'éclaircie se prolongeant, je suis descendu au Lac Washington.

Quelques observations:

1) Quand tu te promènes avec une longue-vue, tu passes pour un extra-terrestre et les gens ne peuvent pas s'empêcher, dubitatifs, de tourner le regard brièvement dans la même direction que la longue-vue.

2) En période de pandémie, ce n'est probablement pas une bonne idée de proposer aux gens intéressés de jeter un oeil. Même avec un masque, poser leur tronche sur l'oculaire que tu vas réutiliser 10 secondes plus tard, ça défie les lois de l'épidémiologie. Même si ça fait toujours énormément plaisir et que ça émerveille les gens qui n'avaient jamais vu un oiseau d'aussi près.

3) Je vais devoir étudier les noms d'oiseaux en anglais, car t'as pas l'air con avec tout ton matos si tu n'es même pas capable de donner le nom des bièsses foulques qui se déplacent en centuries.

4) Reconnaître les oiseaux, c'est comme le vélo... leur allure est bien gravée quelque part dans la mémoire. Par contre, pour retomber sur leur nom, quelques connections neuronales doivent se rétablir. C'est là que les moyens mnémotechniques de Mano viennent à point. Ce canard a l'arrière-train tout noir parce que, parce que, ah oui, parce qu'il ch... dans le pot. C'est donc le canard chipeau!

5) Les jumelles et la longue-vue, c'est comme le microscope au labo: avec le masque, il faut arrêter de respirer pour observer.

Je ne sais pas si cette résolution durera au-delà du 15 janvier... mais j'ai bien profité des 32 premières minutes sans pluie à Seattle cette année! Une sorte de retour dans une vie précédente... assez éloignée pour être plus enthousiaste que nostalgique.

Autres observations du jour: le Goldeneye, le Bufflehead qui était une de mes toutes premières observations (et 2ème blog!) à New Haven, le goéland à bec cerclé et quelques cormos.



Lumineuse année 2021...


... l'année où on va enfin pouvoir se revoir en vrai!




Noël 2020




Préscience

 

Pategaumais, le 18 septembre 2020, sur ce blog, faute d'orthographe en prime:


Frank Vandenbroucke, vainqueur de Liège-Bastogne-Liège 1999 et actuellement ministre de la santé, le 24 décembre 2020, cité par la RTBF:



Réveillon


J'espère que vous avez passé un bon réveillon! Moi, je suis allé bosser ce 24 décembre et je n'aurais pas dû car ça a été prise de tête. A part ça, j'ai fait de mon mieux pour transposer ici un semblant de Noël normal.

Pas de course à pied sur l'estran entre Middelkerke et Raversijde (la plus belle piste de jogging du monde), alors j'ai fait le tour du lac.

A Noël, on nourrit les oiseaux dans la mangeoire "maisonnette" de l'ami Hubert. Ma mangeoire ici manque un peu d'authenticité (et en plus elle n'est pas droite), mais les graines de tournesol, ça fait toujours fureur.

Pour la première fois depuis que j'ai mis en place cette installation, j'ai pris le temps d'observer les gloutons qui viennent s'y servir. Je laisse Antoine identifier.




Et puis, pas de dominos centenaires de la tante Lina, ni de jeu de "Ne t'en fais pas" au coin du feu près du sapin avec Rosalie. Alors à la place, j'ai fait des Lego tout seul.

Question pour Jef et les autres fans de Lego: ils y ont un algorithme pour distribuer les pièces dans les sachets, ou c'est juste n'importe quoi pour faire durer le plaisir?
Mon dernier gros Lego, c'était la voiture rouge Lego Technic quand j'avais dix ans. J'avais oublié le sentiment de satisfaction et d'admiration quand, comme par magie de Noël, les pièces s'assemblent pour former un moteur, un siège ou un changement de vitesse.
Allez, Joyeux Noël! 




Joyeux Noël... malgré tout

 

Nous n'aurons pas le plaisir de décorer le sapin avec Rosalie cette année...

... mais j'ai quand-même fait le sapin.

Je ne suis pas allé faire les courses de Noël à New York cette année, et je ne regarderai pas "Maman j'ai raté l'avion" dans l'avion...

... mais Kevin est à la TV tous les jours, alors je regarde l'épisode où il va se perdre à New York.

Et puis les TV modernes et la technologie nous rapprochent.

Si vous avez un peu de temps à perdre, envoyez-moi un petit message, et vous aussi vous pourrez passer dans ma TV via Zoom!

Joyeux Noël quand-même!


Le mot juste

 

En science, il faut faire preuve de précision.

Pour décrire les caractéristiques de la souris Mistigri, j'avais déjà inventé les combinaisons de mots "tolérance phagocytaire" et "préconditionnement génétique".

Je suis assez fier de ma trouvaille du jour: "hémophagocytose xénogénéique".

J'aurais dû faire latin-grec...